项目动态 | 博奥晶典引进10x Genomics全新空间原位分析Xenium平台博奥晶典引进10x Genomics全新空间原位分析Xenium平台,实现亚细胞分辨率的靶向基因和蛋白表达原位分析,助您走进空间生物学新时代! 聚焦科技最前沿,一系列具有颠覆性的项目以及革命性的创新技术逐渐崭露头角,空间组学技术随着其突破性进展和商业化发展,为越来越多的生命科学领域专家带来全新视角。 2020年 Nature Methods 将“空间转录组技术”评为年度技术;2022年,国际顶级学术期刊 Nature 将空间组学技术评为年度七大颠覆性技术;2023年,世界经济论坛发布《2023年十大新兴技术报告》,空间组学与可持续航空染料、柔性电池、生成式人工智能等创新技术共同上榜,意味着空间多组学的颠覆性创新意义,对投资者和研究人员具有重大吸引力,预计能在五年内得到大规模的应用。 什么是空间组学技术? 空间组学是生命科学领域的新技术,能够将分子机制与组织空间位置信息相关联,观察组织的不同区域细胞组成与基因表达情况,进而揭示空间异质性,帮助解析细胞间的相互作用,使科研工作者进一步理解组织微环境;还可以通过标记组织微环境中不同类型细胞的核酸或蛋白,揭示细胞功能状态、复杂细胞表型以及细胞与组织微环境的空间结构关系,最终实现生物标志物可视化,建立相应数据分析模型。空间组学技术对肿瘤研究、免疫研究、发育生物学、神经科学、病理研究等有重要意义。 常规空间组学技术仍然面临挑战 目前空间组学的研究多与单细胞测序相互弥补,空间测序数据因其分辨率受限,需要与单细胞分辨率数据联合分析推断细胞类型组成的具体情况,通常是用转录本分布预测和细胞类型反卷积进行两者的联合分析,得到空间层面的细胞注释结果,但是仍然面临以下挑战: 1. 缺乏构成细胞间通信的高分辨率细胞-细胞和配体-受体相互作用,以及在空间背景下转录本在特定细胞中的定位信息。 2. 两种技术在实验过程中均会破坏组织,不能在原片上进行后续验证实验。 Xenium 原位分析平台——以亚细胞原位分辨率对同一切片中细胞和组织内的数百至数千个 RNA 和多重蛋白质进行表征 基于以上难题,10x Genomics 公司推出全新空间原位分析 Xenium 平台,可在不影响组织完整性的前提下,提供高灵敏度、高通量、高分辨率的空间和亚细胞分辨率的数据,并同时兼容新鲜冷冻(FF)和福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织样本,实现 1>1+1 的高质量研究数据挖掘! 图2 Xenium 原位分析平台结果示例 6 大优越性能助力高质量数据挖掘 1、高度灵敏且特异的锁式探针化学反应 具有区分高度同源或短的 RNA,检测低表达的转录本等独特功能。 2、行业领先的通量,最高比其他平台快 7 倍之多 最大限度提升生物学见解,避免视野上的限制。可分析每张载玻片(可贴片区域22.5mm*10.5mm)上多达 236mm² 的区域,每周最多可分析 1,400mm²。 3、在运行结束后即刻开展数据的可视化和探索 Xenium 分析仪在运行过程中处理数据,不需要云端分析,并提供完全免费直观的可视化软件 Xenium Explorer 助力数据探索。开放的通用文件格式支持用自选的第三方分析工具来处理。 提供凭借在单细胞领域的丰富经验设计的生物学相关基因组合 panel,也可以对现有的基因组合进行轻松定制,或根据感兴趣的靶点建立一个独立的基因组合 panel。
不需要组织优化,新鲜冷冻组织(FF)和 FFPE 样本采用相似的操作方案,让实验尽快开始。 Xenium 分析结果展示 Xenium 原位分析配备强大而直观的软件 Xenium Explorer,能够立即探索分析产生的亚细胞分辨率数据,进行细胞分割和聚类,下机后的数据可视化等等。 1. 轻松寻找重要的生物学信息 利用 Xenium 革命性的亚细胞分辨率,按照标志物类型对基因进行分组,从而鉴定细胞类型和状态。 2. 在各种规模下充分探索转录本密度 放大图像以观察单个细胞中的单个分子,或缩小图像来观察整张组织图。 3. 无缝比较各个组织区域内的基因表达 探索组织环境如何影响整张组织切片中的数据。利用套索工具轻松比较各个组织区域内的基因表达。 4. 按照选择的方式自由分析数据 使用直观的 Xenium Explorer 深入探究您的数据,或直接导入第三方工具,并省去修改文件格式的麻烦。 Xenium 现有 Panel 研究方向 提供精心设计和甄选的基因组合 Panel,采用数据驱动方法,将专家意见与多年单细胞经验相结合。同时配备快速轻松的定制流程,能够在现有基因组合 Panel 上添加多达 100 个靶点,或订购自己的独立基因组合。 1. 人类乳腺基因表达 Panel 2. 人类脑、肺、肾脏、肝脏、皮肤、结肠、心脏、淋巴结、胰腺等多种组织和癌基因表达 Panel 3. 小鼠脑基因表达 Panel 4. 小鼠脂肪、膀胱、骨髓、脑、心脏、肾脏、肢体肌肉、肺、胰腺、胸腺等组织基因表达 panel 5. 独立的定制基因表达 Panel Xenium 联合单细胞和空间分析将更强大! Xenium 既可以单独应用获得原位数据,也可以联合单细胞和空间分析,将 Xenium 数据与单细胞和整张组织切片的无偏倚全转录组分析相结合,Xenium 原位分析结果将得以扩展,可以在单细胞多组学、空间或亚细胞分辨率之间来回切换并挖掘数据。 本文内容来源于公众号博奥晶典(ID:capitalbiotechnology),如有侵权,请联系我们予以删除。 |