项目动态 | 博奥晶典自主研发攻坚细胞注释难题，全球首个跨物种单细胞注释数据库发表

2023年9月20日，生物芯片北京国家工程研究中心、北京博奥晶典生物技术有限公司（以下简称：博奥晶典）联合广东省东莞市妇幼保健院黄小玲主任医师团队深度合作，共同发表跨物种单细胞注释数据库 singleCellBase，有效解决单细胞分析核心难题——细胞注释。

海量单细胞数据亟待解决注释难题

单细胞转录组测序（scRNA-seq）技术为研究人员提供了独特的机会，以单个细胞的分辨率来揭示人体组织中复杂的细胞成分和各种细胞的异质性。在进行 scRNA-seq 数据分析时，注释每个细胞的生物学类型是研究人员面临的一个极具挑战性的核心问题。

细胞注释的方法通常分为自动注释和手动注释两大类。虽然自动注释速度更快，但在精细的细胞亚型注释方面通常效果不佳，并且不能始终得到高置信度的注释结果。手动注释通常被认为是金标准，但通常面临以下挑战：

单细胞注释数据库 singleCellBase有效解决注释困境

面对以上难题，博奥晶典联合广东省东莞市妇幼保健院黄小玲主任医师团队攻坚克难，成功自主研发出单细胞注释数据库——singleCellBase，有效解决单细胞数据注释困境，结果于权威杂志 Biomarker Research 杂志（影响因子 11.1）在线发表。

图1. singleCellBase 数据库开发构架示意图

数据库四大特性助力高质量细胞注释结果

博奥晶典自主研发的 singleCellBase 是全球首个支持多物种单细胞注释的数据库，具有:

（1）打破物种限制；

（2）提供先验知识；

（3）整合分散的文献资源；

（4）拓宽疾病研究领域；

（5）实现数据资源共享；

（6）促进科学交流的特殊意义。

且具有全面性、可靠性、交互性、时效性的 4 大优越性能。该数据库极大方便了从事基础研究，特别是应用单细胞技术的研究领域的研究人员，为更好地在单细胞分辨率下解析疾病治病机理以及探索有效治疗策略提供基本的信息资源。

全面性：涵盖 31 个物种，除人和小鼠外，还包含猴、鸡、猪、鱼、拟南芥等动物和植物等。共计涉及 8740 个基因和 1221 种细胞类型，涵盖 165 种组织类型和 464 种疾病类型。
可靠性：包含超过 2000 篇高质量单细胞研究论文的约 10,000 条细胞类型和标记基因之间的对应关系记录，所有记录均通过人工提取和双重核查后收录。
交互性：提供 7 个功能模块，满足研究人员日常浏览、查询和可视化单细胞数据集等诸多需求。
时效性：持续更新数据库信息，不断升级优化功能模块。